はい、飛び石による車両損害(飛来中または落下中の他物との衝突）は1等級ダウン事故になるため、継続後契約の等級は下がります。
例えば現在10等級の場合は、車両保険を使うと継続後は9等級でのご契約となります。

また、事故有係数適用期間1年となり、1年間は「事故有」の割増引率が適用されます。保険料決定の仕組みはこちら
事故例については、「保険料の決定の仕組み」をご参照ください。

（ＧＫ クルマの保険、自動車保険・一般用、はじめての自動車保険についての回答です。）